https://libeldoc.bsuir.by/handle/123456789/51158| Title: | Вычислительный анализ структурного состава геномов коронавирусов |
| Other Titles: | Computational Analysis of the Structural Composition of Coronavirus Genomes |
| Authors: | Спринджук, М. В. Берник, В. И. Владыко, А. С. Чжочжуан Лу Титов, Л. П. |
| Keywords: | доклады БГУИР;коронавирус;пандемия;биоинформатика;системы медицинского назначения;геномика |
| Issue Date: | 2023 |
| Publisher: | БГУИР |
| Citation: | Вычислительный анализ структурного состава геномов коронавирусов=Computational Analysis of the Structural Composition of Coronavirus Genomes / М. В. Спринджук [и др.] // Доклады БГУИР. – 2023. – Т. 21, № 2. – С. 104-113. |
| Abstract: | Экологические катастрофы, уменьшение площади лесных насаждений, одомашнивание диких животных, употребление в пищу зараженных животных, загрязнение воды и продуктов питания и их компонентов, эксперименты с вирусами, дефициты и дефекты иммунной системы у современного человека и других млекопитающих стали толчком к развитию новых опасных и особо опасных вирусов. Пандемия коронавируса, отнесенного к категории опасных вирусов, привела к повышению востребованности знаний и навыков вычислительной биологии, эпидемиологии и вирусологии в современном обществе. Существующие секвенаторы способны производить большие объемы биоинформационных данных, которые отображаются в виде геномных текстов. Сравнительный вычислительный анализ такой информации необходим для выяснения вопросов филогенеза, мутационного профилирования, молекулярной эволюции, определения вставок других геномов, аннотирования регионов геномов, поиска мишеней для разработки вакцин и фармакотерапии. В связи с этим авторами статьи проведен вычислительный эксперимент сравнительного анализа геномных текстов белорусских образцов коронавируса с рядом отобранных полных геномов опасных и особо опасных вирусов и коронавирусов различного происхождения. Анализ данных выполнен компьютерной программой YASS, геномные тексты загружали из GISAID, также был использован самостоятельно разработанный конвейер обработки геномных данных на основе биоинформационной платформы Galaxy. В результате анализа данных обнаружено значительное сходство нового коронавируса с рекомбинантным коронавирусом, частичное сходство с вирусами синтетического коронавируса, краснухи, Эбола 1976, ближневосточного респираторного синдрома, ВИЧ-2 (вируса иммунодефицита человека), вируса иммунодефицита обезъян и лихорадки Марбурга. |
| Alternative abstract: | Ecological disasters, wars in regions with microbiological weapons depots, deforestation, domestication of wild animals, consumption of infected animals, contamination of water and food products and their components, experiments with viruses, deficiencies and other defects of the immune system in modern humans and other mammals became the impetus for the evolution of new dangerous and extremely dangerous viruses. Due to the emergence of new dangerous viruses, the importance and demand for knowledge and skills of computational biology, epidemiology and virology in modern society have increased. Modern sequencers are capable of producing large amounts of bioinformatic data that is represented in the form of genomic texts. Comparative сomputational analysis of this information is necessary to clarify the issues of phylogenesis, mutational profiling, molecular evolution, identification of insertions of other genomes, annotation of genome regions, search for targets for vaccine development and pharmacotherapy. In this сontext, authors conducted a computational experiment of comparative analysis of the genomic texts of Belarusian coronavirus samples against a number of selected complete genomes of dangerous and extremely dangerous viruses and coronaviruses of various origins. Data analysis was performed using the YASS, genomic texts were downloaded from the GISAID, the custom genomic data processing pipeline based on the Galaxy bioinformatics platform was also applied. The article presents the results of an analysis of the available scientific literature and the computational experiment comparing the genomic texts of Belarusian coronavirus samples with a number of selected complete genomes of dangerous and especially dangerous viruses and coronaviruses of various origin. A significant similarity of the new coronavirus with the recombinant coronavirus, as well as partial similarity with synthetic coronavirus, Rubella, Ebola 1976, HIV-2 (human immunodeficiency virus), Middle East respiratory syndrome, simian immunodeficiency and Marburg fever viruses have been found. |
| URI: | https://libeldoc.bsuir.by/handle/123456789/51158 |
| DOI: | http://dx.doi.org/10.35596/1729-7648-2023-21-2-104-113 |
| Appears in Collections: | Том 21, № 2 |
| File | Description | Size | Format | |
|---|---|---|---|---|
| Cprindjuk_Vichislitelnii.pdf | 1.38 MB | Adobe PDF | View/Open |
Items in DSpace are protected by copyright, with all rights reserved, unless otherwise indicated.